本模板支持“研究计划 → Multica 阶段与任务 → 持久执行 → 研究解释 → 论文交付”。研究设计与证据保存在仓库，任务状态和阶段授权由 Multica 管理，数据与中间产物保存在用户目录下的可见资产目录。
- 项目名称：待初始化。
- 研究问题：待初始化。
- 研究对象与分析单位：待初始化。
- 项目边界：待初始化。
- 正式交付：待初始化。
- Multica 项目入口：待接入。
从默认分支创建项目后，执行 INITIALIZE_PROJECT.md。先写清全部研究阶段的目标和依赖，再把当前获准阶段细化为可验收的任务，完成资产、环境、平台绑定及一次演示后删除该清单。初始化不要求逐个填写目录说明。
需要 Python 3.10 及以上、Git、uv 和本机持久执行能力。五个入口在 Linux、macOS、Windows 使用相同的 Python 命令；操作系统托管分别由 systemd、launchd、任务计划程序提供。
python scripts/research.py setup
python scripts/research.py run --issue-id <issue-uuid> -- <command> <arguments>
python scripts/research.py status <run-id>
python scripts/research.py deliver --issue-id <issue-uuid> --artifact <path> --check <check-name> --research-impact <text> --scope-complete
python scripts/research.py export --run-id <run-id> --file <relative-output> --kind figures --accepted-by <acceptance-reference>
尖括号内容须替换为本任务的真实值。参数、环境和无计算交付的示例见 研究执行；--help 提供当前命令语法。源码编号便于阅读，实际执行依赖以 Multica 任务为准，不维护根 README 命令总表。
| 位置 | 内容 |
|---|---|
| AGENTS.md | 执行者必读路线和研究边界 |
| docs/plans/research-plan.md | 科学问题、研究设计、阶段成果和证据标准 |
| docs/project-preferences.md | 稳定环境、资源默认值和协作偏好 |
| docs/data-sources.md | 数据来源、版本、许可与校验信息 |
| DASHBOARD.md | 来自 Multica 的阶段、待决事项与成果快照 |
| src/ | 编号研究脚本或实质研究模块；保持 package=false |
| experiments/ | 科学问题、观察、解释边界、决策及下游影响 |
| outputs/ | 选入论文并由 Git 跟踪的图表与来源索引 |
| scripts/ | 运行入口、TeX 检查及投稿工具 |
| docs/ | 数据、执行、协作、写作约定和手稿 |
| .agents/ | 项目独有且已验证可复用的技能 |
默认资产位置为 Linux/macOS 的 ~/ResearchAssets/<仓库名>/，Windows 的 %USERPROFILE%\ResearchAssets\<仓库名>\。仓库名来自 origin；多个工作树共用同一映射，而不是各自创建数据副本。
ResearchAssets/<仓库名>/
inputs/ 固定版本输入
envs/ 稳定依赖环境
runs/<运行编号>/
code/ 已提交代码的固定快照
data/ 本次中间数据
outputs/ 候选图表及其他运行产物
logs/
run.json
deliveries/ 不可变交付记录，支持无计算任务
凭据不写入映射和运行记录。资产映射、数据边界及共享输入规则见 数据生命周期。模板不提供跨机器资产同步。
make init-tex
make check-tex-style
make manuscript
make manuscript-diff
make prepare-elsevier-submission默认使用 CTAN elsarticle 和 Harvard author-year 样式，正文一行一句。手稿直接引用 Git 中选定的正式图表，干净检出不依赖外部研究资产即可编译。构建和投稿目录不提交。
以上论文工具依赖 Bash、Make 及 TeX；Windows 需另行准备相应环境。研究运行入口的三平台适配不代表论文工具均已原生跨平台。各平台持久执行须在对应系统实测，未实测的环境不算通过验收。详情见 手稿工作流。
Titanic 三阶段导读保留旧人工流程的固定提交，用于理解研究证据和论文衔接。导读提供与本版 Multica 流程的对应关系；不要整体合并、拣选或照搬示例分支的数据路径和看板规则。
MIT